Музей-квартира Анны Ахматовой разделён на две части: мемориальную и литературно-историческую. Мемориальная часть воссоздаёт облик квартиры Пуниных — Ахматовой 1920–1930 годов, а литературно-историческая посвящена творчеству поэтессы.
Посетители могут увидеть типичное жильё ленинградской интеллигенции того времени: прихожую, коридор, общую коммунальную кухню, столовую, кабинет Пунина и две комнаты, где жила Ахматова. Каждая вещь в музее имеет своё значение и связана с Серебряным веком и жизнью поэтессы. Всего в фондах музея хранится более 50 тысяч экспонатов, включая фотографии, рукописи, предметы одежды, мебели и многое другое.
Кроме того, в Фонтанном доме расположена экспозиция, посвящённая Иосифу Бродскому. Хотя поэт никогда не был в этих стенах, здесь хранится внушительная коллекция, связанная с Нобелевским лауреатом: личная библиотека, мебель, фотографии, письма, рисунки и рукописи. Особое место занимает «Американский кабинет» Бродского, вещи из которого передала музею вдова поэта Мария Бродская.